LLAS: Estudio Grande de Asociación en Lupus
Artículo por Jennifer Kelly, M.P.H., Analista de Datos
Publicado originalmente en la revista anual del estudio: Lupus Linkage , vol XII, 2007
Actualizado para publicación en página web Marzo 2008-03-13

La genética del lupus se encuentra al margen de ser completamente transformada Hemos realizado el experimento genético en lupus más grande hasta esta fecha. De hecho, es uno de los experimentos más grandes realizados con una enfermedad tan compleja. Este experimento es el producto de más de 15 años de investigación en lupus y la meta del mismo es 10 veces más grande que la meta propuesta hace dos años atrás.

Este experimento fue un gran esfuerzo colaborativo entre investigadores que estudian lupus alrededor del mundo. Hemos combinado nuestros conocimientos e intuiciones individuales para determinar cuales genes están envueltos en el desarrollo de LES para realizar este experimento. Esto ocurrió en un momento cuando la tecnología genómica, nuestra colección de pacientes de LES, y el progreso hasta este punto se intersectan para un progreso explosivo. Hemos evaluado ~22,000 polimorfismos de nucleótidos simples (SNPs) en 12,043 participantes con LES, y participantes no relacionados los cuales no tienen LES, generando más de 252 millones de genotipos. Hemos comenzado a evaluar los genes candidatos conocidos y sospechosos para su potencial de causar lupus, particularmente con respecto a las variables que influencian la asociación genética (efectos genéticos que ocurren en pacientes con lupus), incluyendo sexo, raza, criterios clínicos, auto anticuerpos, y otros efectos genéticos. De hecho, los Estudios de Genética en Lupus, en cooperación con en Consorcio Internacional para la Genética del Lupus Eritematoso Sistémico (International Consortuim for Systemic Lupus Erythomatosus Genetics (SLEGEN)), y otros científicos recientemente publicaron algunos resultados de este estudio (LLAS) en una publicación en Nature Genetics (Feb.2008) documentando la asociación genética de cuatro nuevas regiones en el cromosoma vinculadas al lupus (16p11.2 (ITGAM), 11p15.5 (KIAA1542), 3p14.3 (PXK) y 1q25.1 (rs10798269)). Este artículo también halló evidencia de asociaciones en otras tres regiones relacionadas al lupus y otras condiciones autoimunes, previamente conocidas (FCGR2A, PTPN22 y STAT4) y indicó de nueve o más áreas en el genoma humano que pueden predisponer al lupus.

Para dar una idea del abarque de este experimento, entre 1992 y 2005 realizamos 343 genotipos al dia. Entre 2005-2006, realizamos aproximadamente 19,000 genotipos al día. Este experimento produjo sobre 1 millón de genotipos al día con un aumento de más de 1000 veces la cantidad de datos generados con una reducción de más de 200 veces en gastos por unidad.

Nuestra meta con este trabajo es revolucionar la nueva genética del LES. La infraestructura (muestras, datos clínicos, sistemas de inventario, informática de manejo de datos, capacidad de análisis, y compromiso al proyecto) se encuentra en el Oklahoma Medical Research Foundation para el éxito de este esfuerzo. Esperamos tener el impacto máximo posible en el entendimiento de la nueva generación de genética en lupus. La capacidad de identificar sub-grupos genéticos, y diseñar fármacos específicos es incomparable. En resumen, los avances realizados serán substanciales y fundamentales.


Definición de Términos:

  1. Polimorfismo de Nucleótido Simple (SNP): Son variaciones en la secuencia del ADN que ocurren cuando una base de nucleótido simple (A, T, G, C) es reemplazada por otra base. Por ejemplo, un SNP puede cambiar la secuencia del ADN de AAGGCC a ATGGCC. Los SNP’s son responsables de aproximadamente el 90% de todas las variaciones en el genoma humano, y ocurren en cada 100-300 bases a través del genoma humano
  2. Genotipo: La combinación de secuencias de ADN que tiene un individuo..

International Consortium for Systemic Lupus Erythematosus Genetics (SLEGEN), Harley JB, Alarcón-Riquelme ME, Criswell LA, Jacob CO, Kimberly RP, Moser KL, Tsao BP, Vyse TJ, Langefeld CD, Nath SK, Guthridge JM, Cobb BL, Mirel DB, Marion MC, Williams AH, Divers J, Wang W, Frank SG, Namjou B, Gabriel SB, Lee AT, Gregersen PK, Behrens TW, Taylor KE, Fernando M, Zidovetzki R, Gaffney PM, Edberg JC, Rioux JD, Ojwang JO, James JA, Merrill JT, Gilkeson GS, Seldin MF, Yin H, Baechler EC, Li QZ, Wakeland EK, Bruner GR, Kaufman KM, Kelly JA. “Genome-wide association scan in women with systemic lupus erythematosus identifies susceptibility variants in ITGAM, PXK, KIAA1542 and other loci.” Nat Genet. 2008 Jan; 40(2):204-10.


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